平成２６年４月１日より消費税率が引き上げられます。（５％→８％）
棚卸資産（商品、製品等）において売上側が「出荷基準」で平成２６年３月３１日以前の消費税率を適用、仕入側が「検収基準」で平成２６年４月１日以降の消費税率を適用するといった場合に問題が生じます。
（税務通信No.3263より抜粋）
売上側 「出荷基準」により５％を適用
仕入側 「検収基準」により８％を適用
この場合、仕入側は５％の税率分でしか消費税を払っていないのに８％で仕入税額控除を行うことになり、結果として３％分多く控除するという不合理が生じます。
よってこの場合、売上側からの請求書等により、転嫁されている消費税額（今回の場合には５％分の消費税額）が明確な場合には、仕入側が検収基準を採用している場合であっても５％の税率を適用して仕入税額控除の計算をすることになります。
一方、請求書等で転嫁されている消費税額が不明である場合には、仕入側の仕入計上基準において適用されている仕入税額控除の計算が認められることになるようです。
